Gyökérfekély:a csíranövény gyakran a talajfelszín elérése előtt elpusztul, így betegségre csak a tőhiány utal. A másik megjelenési forma, hogy a szikleveles, vagy egy-két lombleveles növény gyökérnyaki része sárgás, majd barnás színű, vizenyős. Száraz időben cérnaszerűen elvékonyodik, összeszárad, nedves időben elrothad,(nagyítóval nézve fekélyszerű foltokat láthatsz) a növény elfekszik a talajon és elpusztul. Néha a palánta túléli a fertőzést, de a gyökérnyak megbetegedése miatt a későbbiekben fejlődésében visszamarad. A 6-8 leveles kornál idősebb palánta már nem fertőződik.

A betegséget több kórokozó idézheti elő, melyek egy része a talajban (Pythium spp., Aphanomyces laevis, Rhizoctonia solani, Fusarium spp.), másrészük (Fusarium spp.) a vetőmagban telel át és fertőzi a fiatal növényeket.
A gyökérfekély leggyakrabban a hideg, hűvös, csapadékos tavaszok betegsége.
A gyökérfekély elleni védekezés egyik legfontosabb eleme a csávázás, mely mind a vetőmaggal terjedő, mind a talajban áttelelő és onnan fertőző gombák ellen hatásos. Elhúzódó kelés esetén ez nem nyújt kielégítő védelmet, ezért biztosítani kell a paradicsom gyors, „robbanásszerű” kelését. Ezt a jól kialakított vetőággyal, – legalább 16-18 °C, talajhőmérsékletnél – a nem túlzottan mélyre történő (1cm) vetéssel és harmonikus tápanyagellátással (Foszfor túlsúly)segíthetjük elő. Lakásban, termesztőberendezésben az alulról történő melegítést kell megoldani/biztosítani.