1943 végén a német hadsereg kidolgozta Magyarország katonai megszállásának részleteit (Margaréta-terv), s 1944. március 19-én végre is hajtották. A kormányzó először hevesen ellenállt, de később utasítást adott, hogy ne álljon ellent a hadsereg. A birodalom teljhatalmú megbízottjává kinevezett Veesenmayerrel folytatott többnapos tárgyalásai után Horthy elfogadta, hogy a helyén marad, és hozzájárult Sztójay Döme volt berlini követ miniszterelnöki kinevezéséhez. A Gestapo és az SD (Biztonsági Szolgálat) magyar politikusokat tartóztattak le, felosztották a polgári, a kisgazda- és a szociáldemokrata pártokat, a szakszervezeteket, lapjaikat betiltották, s megkezdődött a zsidók deportálása (Horthy csupán július elején lépett közbe).