A "jó" végek nem a Wish Granternél vannak, hanem egy másik helyen a szarkofágban. Amikor az X16 laborokban megtalálod Ghost holttestét (rajta áll egy Controller, az a szörny, ami heveny visítást, majd fejfájást okoz), akkor a feladatlistádban megjelenik, hogy találkozz Guide-dal, aki okosakat fog neked mondani, és pont ott van, ahol még a legelején Foxot megmentetted a mutáns qtyáktól. Ez a Guide azt mondja, hogy menjél vissza az Agroprom alatti rejtekhelyre, és ott találkozz a Strelok-banda utolsó tagjával, a Doktorral. A rejtekhelyen Doktor elmondja, hogy Strelok megfejtette a szarkofág titkát, ami egy zárt ajtó mögött található a szarkofágban. Ehhez az ajtóhoz a dekódert, meg némi felvilágosító jellegű doksit Strelok a pripjatyi hotelben rejtette el. Egyben itt kiderül az is, hogy pontosan ki a franc is ez a Strelok ;-))
Innentől a játék megy tovább rendesen (kilőni a Brain Scorchert, ilyenek), csak épp Pripjatyban még föl kell keresni a hotelt, aztán már a szarkofágban kicsit másfele kell menni. Így eljuthatsz a két "jó" befejezéshez.