iptables -t filter -A INPUT -p udp -dport 53 -j ACCEPT

Szerintem az iptables-nél a sorrend is számít. Fedorán a szükséges dolgok elfogadása után mindent eldob, így hiába fűznék append-del utána valamire ACCEPT-et, az már nem kerülne végrehajtásra, hiszen ott már nincs csomag. Próbáld a szabályt előre beszúrni:

iptables -t filter -I INPUT -p udp -dport 53 -j ACCEPT