Bár Bem tábornok inkább vissza akarta fogni a beosztottjait, azok tömeggyilkosságokat követtek el az erdélyi románok ellen (pl. Hatvani szabadcsapata):

Az erdélyi polgárháború áldozatairól nincsenek pontos adataink. 1849. december 30-án az erdélyi román fölkelők vezetői közös kérvényt fogalmaztak, amelyben kártérítést kértek az elmúlt hónapok hadieseményei során a románság által elszenvedett károkért. A bevezető előre jelezte, hogy csupán előzetes kártérítési igényről van szó, mert „nem vagyunk még abban a helyzetben, hogy pontos jegyzékét közölhetnők a lefolyt polgárháborúban megölt románoknak, valamint az elpusztított vagy felégetett helységeknek”. A kérvény szerint a magyarok agyonlőttek vagy felakasztottak négy kerületi prefektet, tíz tribunt és legalább 100 centuriót és decuriót. Az agyonlőtt vagy felkoncolt papok közül a kérvény hatot említ név szerint, 47 főt sommásan. Ezután csupán szám szerint közli, hogy a magyarok 14 helységben és környékén összesen 1150 románt végeztettek ki. További 12 községben a székelyek a román férfiak legnagyobb részét felkoncolták, „az asszonyokat elűzték, vagyonukat elragadták, marháikat Szászrégenben és Marosvásárhelyt eladták, s földjeiket egymás között felosztották”.

A kérvény ezután a valószínűsíthető tények mezejéről a valószínűsíthető statisztikai adatokéra tér át: eszerint nincs Erdélyben olyan román község a 2400-ból, amelyből 10-12 személyt meg ne öltek volna, továbbá legalább 8-10 000 fő esett el a csatákban, „az áldozatok számát könnyen 35-40 000-re tehetni, melyek tehát negyvened részét képezik az 1 600 000-nyi népességnek”. Emellett kb. 100 falu egészen, 230 falu „részben elhamvadt”. Ez legalább 1 260 000 forint kár. Emellett minden román család (360 000) legalább 50 forint erejéig megsarcoltatott, a megöltek egynegyedénél pedig családjuk legalább 1000 forintnyi tőkéje is elveszett. Ha az állam csak 100 forintnyi évi segélyt ad neki, az is 10 000 000 forint. A románság teljes kára tehát legalább 29 260 000 forint.