"Úgy értettem, hogy meghagyom a fat32 partíciót, arról telepítek, és miután feltelepítettem, mikor már fut a linux, akkor lementem cédére a fat32 partíció tartalmát, és újrapartícionálom a fat32 által foglalt területet, és csinálok belőle linux partíciót, amire aztán felteszem a cédére kimentett dolgokat. "
OK.

"lehet-e partíciós változataásokat eszközölni úgy, hogy a root partíció sértetlen és működőképes boot partíció maradjon. "
Persze. Arra kell vigyázni, hogy a "logikai" partíciók számozása igyekszik mindig 5-tel kezdődni. (Magyarázom: van pl. hda5, hda6 és hda7 partíciód. Letörlöd a hda6-ot, ekkor a hda7 visszacsúszik hda6-nak. Amit az eddigi 6-os helyén létrehozol, az most a 7-es számot kapja.) Ez akkor ciki, ha a root-od a hda7-en volt.
Ha a rootod elsődleges partíción van (hda1, 2,3,4), akkor nem zavarja az 5 fölöttiek csúszkálása.

"És nem fogja-e zavarni a linuxot, hogy megváltoztatom a partíciót. Tudja-e kezelni az ilyen változásokat..."
A különféle partíciók csatolását (mountolását) az fstab file-ban szoktuk szabályozni. Ha itt normálisan beírod, hogy mit hová mountoljon, akkor "kezeli".