A topiknyitó kérdésre az alábbiak szerint válaszolhatok:
A nindzsa ma már olyan magyar szó mint amilyen angol pl. "goulash", nincs ok nem fonetikusan írni.
A jelenkori japán neveket egyértelműen magyarosan írjuk át, és a történelmi személyek esetén is helyesebb ehhez tartani magunkat, mint azt Jamadzsi Maszanóri is tette magyar nyelvű japán történelemkönyvében.
A cs'i ~ ki probléma más: ha a téma kínai, akkor qi ~ chi ~ cs'i írandó; ha japán, akkor ki. Legfőképpen mivel nem teljesen felcserélhetőek: a taj-csi cs'i-fogalma jelentősen eltér pl. az aikidó ki fogalmától. Egyébként mindkét fogalomnak a hindu Kundaliní-kígyó-ra megy vissza: talán használhatnánk ezt...

rumcit pontosítanám: a Hepburn-rendszer nem használ átbetűzést, mivel pl. nem tesz különbséget a kanával kétféleképp leírható dzsi szótag között: ez vagy z+i, vagy d+i.

Továbbá, a Hepburn nem hivatalos, csak a legelterjedtebb átírása a japánnak. Ha van hivatalos, akkor az a monbusó-siki, amely mint a neve mutatja, az japán Oktatási Minisztérium rendszere és az egyetlen, amely alkalmas az átbetűzésre. A harmadik jelentős rendszer a kurei-siki. A Pingyi által felhozott daimjó szót a három rendszer szerint háromféleképpen kell átírni. Ez azért van, mivel a hiraganában a hosszú magánhangzókat két jellel írják le: a szótag magánhangzóját megismétlik, kivéve az ó esetén, ahol a második jel az u. De a hosszú hangok írásmódja esetén a japán sem egységes, mivel a katakana esetén inkább a "hosszítójelet" teszik a szótagjel mögé.

Az átbetűzést nem igénylő nem nyelvészeti szövegekben nincs érv arra, hogy ne magyar átírást használjunk. Meglivorn állításával szemben az o ~ wo partikula kivételével ez egyértelműen átírható Hepburn-re, az pedig nem egyértelműen írható át kanára.

Mellesleg bármelyik átírást is választjuk, a kiejtést külön meg kell tanulni: a szóvégi -u és -i esetén legtöbbször a hangképző szervek ugyan a megfelelő pozícióban vannak, de légmozgás nem történik, ugyanígy az átvett szavak ejtéskönnyítő betoldásai esetén pl. téburu (< table); a ni szótagban az n enyhén palatalizált, ugyanígy a hi szótagban a h úgy hangzik, mint a német ich szó ch-ja; az önálló szótagi n inkább csak nazalizálja az előtte álló magánhagzót; a dz affrikátában a zár gyenge artikulációjú; a si szótagban az s fonetikailag közelebb van egy palatális (azaz skandináv-típusú) sz-hez, mint a magyar s-hez (Ezért például az orosz rendszer szi-nek írja át).