Nem az egyház büntetett: Fontos kiemelni, hogy maga az egyház nem végzett ki senkit; az inkvizíció a vallási vizsgálatot vezette, de a büntetéseket a világi hatóságok hajtották végre."

 

De csakis azokon hatották végre a világi hatalmak az ítéletet,akiket a Római Egyház képviselői megvádoltak és elítéltek. Az ítélet végrehajtását valóban a királyok hóhérai hajtották végre,

azonban a Római Egyház által kínzások által kikényszerített megalapozatlan vádak alapján.

A vádlottakat nem köztörvényes bűnökkel vádolták, hanem azzal, hogy nem értenek egyet a Római Egyház hitelveivel,azokat megsértik. Az ítéletre a Római Egyház által megfogalmazott vádirat alapján 

került sor. Az uralkodók az egyházzal megkötött megállapodás alapján hajttatták végre az ítéletet.

 

Ez még a 19. században is így volt:

 

Napóleon 1801-ben Párizsban konkordátumot kötött a Pápai Állammal, ami precedenst jelentett az állam és egyház modern kori viszonyában. Korábban egyetlen világi hatalom sem írt alá egyenrangúság alapján álló szerzõdést a Pápai Állammal. A 17 pontból álló szerzõdés visszaállította a pápa világi hatalmát az Egyházi Állam területén, megtartotta uralkodó pozícióját és az egyházi hierarchiát. Az egyházfõ ugyanakkor az idõközben császárrá lett Napóleon javára lemondott a püspökök kinevezésének jogáról. Ez a megegyezés visszont nem tartott sokáig, 1809 elején Napóleon a császár rendeletileg megszüntette a Pápai Államot, Rómát és környékét pedig Franciaországhoz csatolta.
Európa uralkodói tétlenül nézték a pápaság végóráit, Napóleon azonban megbukott, és a bécsi kongresszus 1815-ben helyreállította az Egyházi Államot.
Az európai nemzetállamok azonban Napóleon számûzése és a Szent Német- Római Birodalom megszûnése után már nem kívántak visszatérni Róma politikai uralma alá, inkább a francia modellt választották a katolikus egyházzal való kapcsolataikban.
Az Egyházi Állam helyzete a 19. század második felében, az olasz nemzeti egységmozgalom gyõzelme után még rosszabbra fordult. Miután Franciaországban elbukott a második császárság, és IX. Pius pápa elveszítette fõ támogatóját, III. Napóleont, elkerülhetetlenné vált Itália teljes egyesítése. 1870. szeptember 10-én II. Viktor Emánuel olasz király felkérte Piust, hogy hivatalosan mondjon le megmaradt világi hatalmáról, és engedje át Rómát az új olasz állam számára. IX. Pius azonban erre nem volt hajlandó, és elrendelte a város katonai védelmét. 1870. szeptember 20-án a olasz hadsereg bevonult Rómába, és ezzel lezárult a Pápai Állam több mint ezeregyszáz éven át tartó történelme.

 

A Pápai állam önmagán vélte beteljesülni Khrisztusnak az ezer éves földi királyságra tett ígéretét.