Mi a nagy probléma azzal, hogy a vonaton másképpen telik az idő, mint a bakterházban?

Egyrészt az, hogy az időnek nincs sebessége, tehát nem tud sem gyorsabban, sem lassabban telni.

A másik nagy probléma, hogy a relativitáselmélet egyik alapfeltevése szerint az egyenletesen mozgó rendszerek egyenértékűek, vagyis nem külömböztethetők meg egymástól.

De ha a vonaton lassabban telne az idő, akkor már lenne különbség. Vagyis ha az egyik rendszerben  másképpen telne az idő, mint a másikban, ez ellentétes lenne a relativitáselmélet alapfeltevésével. 

Mivel mindkét állítás része a relativitáselméletnek, így ez egy belső ellentmondása az elméletnek. Más szóval önellentmondás.