Nem tudom, mit szellőztetsz, de ha DC meghajtott ventilátor van, ott a CO2 koncentráció, az érzékelő érzékenysége/felbontása, az Arduino A/D felbontása összességében azt fogja kiadni, hogy felesleges szabályozással bíbelődni. Ráadásul a PID szabályozás inkább nagyon precíz szintentartáshoz kell/hasznos, és bár nem kizárt, hogy van ilyen, de nekem egyetlen olyan életszerű helyzet sem jut eszembe, amikor CO2 szintet szándékosan kell egy adott értéken tartani.

Ahhoz, hogy pontos választ tudjunk adni a kérdésedre, tudni kellene, hogy mik a peremfeltételek. Minimum/maximum koncentráció, minimum/maximum hőmérséklet, célérték, elfogadható hiszterézis. Ha ezek megvannak, akkor lehet gondolkodni.
U.i.: 3 perces felfűtési idővel és 2 perces (maximális) válaszidővel a PID-nek pont semmi értelme nincs.