"a fenék alapja a fekszik, ahogy a fene fekély fészek"

Tévedés... Ezzel az erővel a fekszik alapja a fenék, stb... Ez egy teljesen önkényes eredeztetés...

"a fenn alapja a fel,"

Vagy fordítva?

Amúgy a fenn=fent. A végén a T helyhatározóval. A FEL pedig FE-L igeképzővel a végén.

"a fen alapja talán a fényesít"

Az N és NY hangok sokszor felcserélhetők, Hallottam már úgy is, hogy megfenyem a kést, de itt sem arról van szó, hogy az egyik gyök a másikból alakult volna ki, hanem egyszerűen ezekből a - jelentést hordozó - hangokból rakták össze azokat. (mint ma tesszük azt az összetett szavakkal) S miután a hangok csaknem azonosak, így a gyök jelentése is nagyon hasonló.