"Mi van akkor, ha a gravitációs potenciál növekedése, lassítja az anyagi részecskék mozgását, frekvenciáját, amivel az időt „skálázzuk”? Vagyis nem az IDŐ lassul, hanem az anyagrezgésből eredeztetett skálafaktor növekszik? "

Pontosan erről van szó. Erősebb gravitációban a kristály rezgése lelassul.

Lehet-e ebből arra következtetni, hogy maga az idő lassul le?

Dehogy lehet!

Ugyanis egy másik fajta óra, az ingaóra éppen ellenkezőleg viselkedik. Erősebb gravitációban a lengése felgyorsul. 

Most akkor lelassult az idő, vagy felgyorsult? 

Egyik sem. Az idő nem képes sem lelassulni, sem felgyorsulni, mert nincs is sebessége. 

Az idő csak egy emberalkotta fogalom.