Szia!

Egyrészt az egyértelmű, hogy galvanikus leválasztás, jó alaposan.
Érdemes komolyan megszűrőzni és esetleg diódákkal, induktivitásokkal "végigszórni" a lábakat, a nem használtakat lehetőleg nem lebegőben tartani (de áram se follyon pár mikroampernél több).
Az remélem egyértelmű, hogy külön táp kell és/vagy jelentősen védeni kell az Arduino betápját (és lehetőleg nem a Vin-en valamennyit, hanem az 5 V-os sínen direkt 5 V-ot tolni rá).
A két relés eljárást felejtsd el, vannak logikai jelszintről dolgozó kapcsolások, amelyek megbízhatóak. Ezen felül érdemes minőségi(bb) alkatrészeket használni. 

A watchdog csak abban segít, hogy a fagyásból kihozza, de attól még nem lesz elvárt szerinti működésed, ha minden kapcsolás után újraindul a rendszered.