Ha a Windows GS Wavetable Synth a Synthesiaban a használt MIDI eszköz, akkor a késés (sajnos) érthető, ez a Windows sajátossága, és nem is szüntethető meg.
Itt van a Synthesia megoldási javaslata: http://www.synthesiagame.com/support/faq#better_synth, a hivatkozott CoolSoft VirtualMIDISynth-et kell telepíteni és használni a Synthesiával.
Másik (bonyolultabb) megoldás, ha valami virtuális MIDI kábel programmal összekötöd a Synthesiát meg valami hangképző programot.
https://www.youtube.com/watch?v=R3HqE2EEcAs - itt pld. ezt mutatják be: Synthesia - Loopbe - Cantabile