"Az a lényeg, hogy a megszakítási rutinok rövidek legyenek."

Így igaz. A megszakításban csak a kiolvasást és úgy általában a legszükségesebbeket kell elvégezni, az eredmény kiszámítására stb. már a főprogramban ráérsz. Az Arduinók elég gyorsak, de ha kétségeid vannak, akkor az IR rutinokat írd meg assemblyben, én időkritikus esetekben ezt szoktam tenni.