A pályázatokat elbíráló bizottságban egyes esetekben olyanok is helyet kaptak, akik egy-egy pályázati győztes egyesületnél is érdekeltek voltak. Az Ernst & Young szerint voltak olyan esetek, amikor a döntőbizottságok által megállapított értékelési pontszámokat utólag – írásbeli indoklás nélkül – megnövelték, és ebben a gyakorlatban az Ökotárs-vezető Móra Veronika élen járt. Előfordult, hogy Móra Veronika „az egyes pályázatokra adott pontszámait utólag olyan módon változtatta meg, hogy az befolyásolhatta a pályázatok esélyeit a támogatás elnyerésére”.