"Kérjük vendégeinket, hogy foglalják el helyeiket."

Mindig veszélyes területe volt ez a magyar nyelvnek. 
:)
Ha így mondod, akkor érhetem úgy is, hogy egy vendégnek több helye volt.

"Kérjük vendégeinket, hogy foglalják el helyüket."

Ha meg így, akkor összesen egy darab hely van az egész vendégsereg számára?

Én a valóban félreérthető helyzetekre mindig az átfogalmazást javaslom (persze a legtöbbször csak direkt lehet félreérteni).