Nem igazán értem, miért gond HDD-ről boot-olni. Nyilván nem ugyanarra a partícióra teszed az oprendszert, mint az adatokat, s vélelmezem, LVM kötetet is használnál. Egyébként amennyiben a BIOS tud USB-s eszközről boot-olni, akkor megoldható. Csak semmi szükség rá.